Het intermediaire mesoderm ontwikkeld zich in nefrotomen. In de 4e week van de zwangerschap eerst de cervicale pronephros (bij mensen degeneren deze al snel weer). Ook de mesonephros ontwikkelen zich. Deze nefrotomen zijn excretie-units die urine produceren. Uit het mesonephros komt ook de ductus mesonephricus, die de urine opvangt en afvoert in de cloaca. Deze werken in de weken 6 tot 10. In de 5e week gaat de metanephros groeien. Er ontstaat uit de ductus mesonephricus een knopje: de ureterknop. Deze groeit tot in de metanephros. De ureterknop vormt de ureter en nierbekken. Vanuit hier zijn er splitstingen in de nierkelken (calyx major, calyx minor) en daaruit ontstaan de collecting ducts. De metanephros vormen de excretie-units van de nier. Het cloaca wordt in twee delen gesplitst door het septum urorectale in: canalis anorectalis en sinus urogenitalis. De sinus urogenitalis bestaat uit drie delen, een deel wordt de blaas, een deel de urethra in de buik en het laatste deel het bij mannen uitwendige deel van de urethra en bij vrouwen het vestibulum vaginea. Het laatste stukje van de ductus mesonephricus wordt opgenomen in de blaas, aan de achter-onderkant.

Tussen het ectoderm en het endoderm ontstaat er mesoderm. Dit gaat zich differentiëren, van mediaal naar lateraal in: chorda dorsalis, somieten (paraxiaal mesoderm), intermediair mesoderm
en lateraal plaatmesoderm.

De bijnieren bestaan uit merg en daarom heen schors. Het merg ontstaat uit neurale lijstcellen.
Deze migreren weg van de neurale buis. Het bijnierschors wordt gevormd uit mesoderm.

De hypofyse bestaat uit een voorkwab, de neurohypofyse en een achterkwab, de adenohypofyse. De neurohypofyse ontstaat uit het diencephalon. De adenohypofyse ontstaat uit een uitstulping van het ectoderm. De uitstulping komt uit de primaire mondholte (stomodeum) en het het zakje van Rathke. Het zakje groeit naar de neurohypofyse en ontwikkeld zich.