• Volumevermindering aantal hersenstructuren:
  • Prefrontale cortex
  • Basale ganglia
  • Atrofie hippocampus (waarschijnlijk door verhoogde productie stresshormoon cortisol (ontregeling HPA-as), neurotoxisch effect) ernst hangt samen met ziekteduur en verbetert door medicijnen (ook langetermijn geheugen)
• Serotonerge studies, verminderde 5HT-receptordichtheid mogelijk gevolg van verlaagde activiteit serotonerge systeem.
• Verminderde activiteit (psychomotorische retardatie, apathie, verstoorde planning):
  • Prefrontale cortex
  • Anterior cingulaire cortex
• Verhoogde activiteit:
  • Limbische structuren (psychomotorische agitatie en angst) amygdale gebied

• Vergroting ventrikels
• Volumevermindering diverse corticale gebieden:
  • Temporaalkwab:
    • Mediaal temporaal (amygdale, hippocampus)
    • Lateraal temporaal (primaire auditieve cortex)
  • Prefrontale
  • Parietale Cortex
  • Corpus callosum
  • Basale kernen
• Verminderde prefrontale activiteit
• Activiteit primaire auditieve cortex bij horen stemmen
• Medicatiegebruik antipsychotica treedt atrofie (verschrompeling) op bij nieuwe atypische antipsychotica niet

Vooralsnog onduidelijk of neurale afwijkingen al aanwezig zijn voor de eerste psychose (ontwikkelingsstroornis dus oorzaak), of verergeren tijdens verkoop aandoening (neurodegeneratief proces).