De basilaire slagader levert bloed naar delen van de hersenen betrokken bij visie en evenwicht. In basilaire slagader migraine, is er een verstoring in de bloedstroom, waardoor verschillende symptomen. Kinderen met dit syndroom ervaring plotselinge episoden van verwarring en droomachtige staten. Sommige kinderen hebben een verminderde gevoel van tijd, een vertekend lichaamsbeeld, of gestoorde visuele perceptie van de omgeving, met visuele hallucinaties. Het syndroom wordt ook wel bekend als de "Alice in Wonderland" syndroom.

Kinderen met dit syndroom hebben migraine afleveringen van vertigo (duizeligheid). Tussen deze episodes, ze meestal typische migraineaanval bestaande uit hoofdpijn. Er kan een verband tussen episodische duizeligheid en reisziekte, omdat de helft van alle migrainepatiënten reisziekte hebben ervaren.

Kinderen die last hebben van cyclische braken periodieke episodes van braken met intense misselijkheid, maar zijn vrij van symptomen tussen de aanvallen. Abdominale migraine wordt gekenmerkt door pijn rond de navel (navel), met meerdere aanslagen in een dag of enkele aanvallen per maand. De pijn kan wel of niet geassocieerd met misselijkheid en braken. Kinderen met abdominale migraine meestal ontwikkelen typische migraine tijdens de vroege volwassenheid.