Vanaf 1579 beginnen de wegen zich te scheiden, vanaf dan verandert geschiedenis van de Nederlanden in geschiedenis van twee Nederlanden. De Zuidelijke Nederlanden keren terug onder het gezag van Filips II, de Noordelijke zullen zich ontwikkelen tot vrije Republiek, een statenbond olv. Holland.

Dit was slechts een geleidelijk proces, in 1576 hadden de zeventien gewesten zich met elkaar verbonden in de Pacificatie van Gent, ze hadden één gezamelijk doel nl. het herstel van de vrede. De Waalse gewesten sloten in 1579 de Unie van Atrecht op basis van handhaving van hun previlegies en trouw aan het katholieke geloof, dit betekende de facto de verzoening met Filips II. Het antwoord van de andere gewesten was de Nadere Unie of de Unie van Utrecht (1579), een militair bondgenootschap om vrijheid van godsdienst te bevechten.

Het formele afscheid van Filips II volgde twee jaar later wanneer de Staten-Generaal van de opstandige provincies het plakkaat van verlating goedkeurde. Hierdoor was een vergelijk onmogelijk geworden en zouden de gewesten van de Nadere Unie een gehele overwinning nodig hebben. De strijd verliep niet positief, in 1585 gingen Brabant en Vlaanderen definitief verloren.

Men besefte dat buitenlandse hulp noodzakelijk was. Nog voor Willem van Oranjes dood in 1584 mislukte de samenwerking met de Franse hertog van Anjou die souvereiniteit wenste. Later zou met de Engelse Robert Dudley, graaf van Leicester de laatste poging om de Noordelijke Nederlanden onder buitenlands gezag te zetten afspringen. De praktijk veranderde de sinds 1581 de monarchie in een republiek ook al werd dit nooit in een formeel besluit bevestigd.

Zie kaarten HB p. 116.

In de loop van 1577 grepen de middenklassen de politieke macht. Het getalm van de grote politiek moe, installeerden ze in de grote steden Calvinistische Stadsbesturen. De Calvinistische Republiek Gent was hierin de meest radicale. Overal in de Nederlanden was het Calvinisme de belangrijkste religie, hoewel Antwerpen een internationaal trefpunt werd voor alle protestanten.

De belangrijkste verwezenlijkingen van de Gentse Republiek lagen vooral op het intellectuele vlak. Scholen werden opgericht en verwierven vaak internationale faam. Na de onderwerping van Gent in 1584 werden de experimenten opgeheven, hoewel ze vaak nog sporen nalieten in het Noorden, mede door de uitgebreide immigratie.

Op 23 januari 1579 werd de Unie van Utrecht gesloten, waarin Gent, Brabant, Vlaanderen met Doornik, Holland, Zeeland en Gelre afspraken om geen afzonderlijke vrede te zullen sluiten met Filips II.

Alexander Farnese, de nieuwe landvoogd van de Nederlanden zorgde voor de vorming van de Unie van Atrecht op 6 januari 1579, door in te spelen op de onvrede in de Waalse gewesten. Daar had het Calvinisme geen voet aan de grond gekregen en waren de traditionele structuren beter bewaard. Door de belofte van herstel van de privileges en de terugtrekking van vreemde troepen, had Farnese Artesië, Henegouwen, Namen en Luxemburg aan zijn kant gekregen. Dit werd de basis van waaruit de herovering zich zou voortzetten en het begin van een nieuwe scheidingslijn in de gewesten van de Lage Landen.

In 1575 werd het tweede Spaanse Staatsbankroet uitgeroepen na de oorlogsvoering op twee fronten (tegen de Turken en in de Nederlanden). Daarom koos de gematigde nieuwe landvorst Requesens voor onderhandelingen met de opstandelingen, die echter op niets uitliepen door de eisen van de opstandelingen. (de eisen waren medebestuur door de Staten, vertrek van vreemde ambtenaren en soldaten en de opschorting van geloofsvervolging.)

Na het overlijden van Requesens in maart 1576, ontstond een nieuw machtsvacuüm, waarin de verschillende Staten onderlinge overeenkomsten sloten. De Staten-Generaal besloot in oktober 1576 om dezelfde eisen als tijdens de onderhandelingen te blijven stellen. Op 8 november 1576 ondertekenden de staten van Brabant, Gelre, Vlaanderen, Holland en Zeeland de Pacificatie van Gent. De oostelijke staten waren het hier niet mee eens, zij hadden immers minder te lijden onder de repressie.

De Statenvergaderingen werkten een nieuwe staatsorde uit, gebaseerd op de oude privileges en medezeggenschap van de lokale en gewestelijke vertegenwoordigers. Ook werd de vorst gebonden aan constitutionele regels, die bij niet-naleven inhielden dat de vorst afgezet kon worden door de Staten, die dan een betere opvolger zouden voorzien. Hiervoor kon men verwijzen naar de Blijde Inkomsten van Filips II en naar precedenten.

De komst van de radicaal vertegenwoordiger van de harde lijn, Hertog van Alva, zorgde voor een scherpe polarisering, mede door de installatie van de Raad van Beroerten. De geheime processen en de Spaanse rechters zorgden voor onvrede, die tot een hoogtepunt kwam na de onthoofding van de graven van Egmond en Horne voor majesteitsschennis, midden 1567. Ook Willem van Oranje werd voor de Raad gedaagd, maar was de Nederlanden al ontvlucht. De massale vervolgingen zorgden ook voor een massale vlucht onder de gewone mensen. In oktober 1568 deed Oranje een inval in de Nederlanden, die mislukte maar traditioneel gezien wordt als het begin van de Tachtigjarige oorlog.

Alva, landvoogd sinds 1567, probeerde om de Nederlanden te besturen met heldere beleidsinstrumenten. Voorbeelden hiervan zijn de Criminele Ordonnantiën en de vaste belastingen om de financiering van de staat regelmatiger te maken. Ondanks de voordelen van vaste belastingen voor zowel staat als bevolking, was de Staten-Generaal ernstig ontevreden, omdat ze hierdoor hun drukmiddel verloren waren. Door de harde aanpak zorgde de regering voor een verdere vervreemding van de bevolking.

Ondertussen werd in juli 1572 de eerste vrije Statenvergadering in Holland georganiseerd, waar beslist werd om Willem van Oranje terug te roepen en een godsdienstvrijheid uitgeroepen werd. Samen met de aanzet tot een nieuwe staatsinrichting met financieel draagvlak, waren dit extreem opstandige beslissingen, die een militaire repressie door Alva uitlokten. Zijn troepen waren van 67 000 manschappen in 1572 aangegroeid tot 86 000 in 1574.

Vaak koos de bevolking voor het minste kwaad in de vorm van Oranje, hoewel ze het niet met hem eens waren. Ze waren het immers nog veel minder eens met Alva.

Na een bewind van 6 jaar, was de balans voor Alva zeer negatie. Niet alleen had hij bestuurlijk en militair gefaald, steeds meer Nederlanders kozen voor de opstand en de schatkist had zwaar te lijden onder zijn pogingen te opstand neer te slaan.