Müller heeft ten volle de zogenaamde doctrine van specifieke zenuw-energie uitgelegd. Hij beschreef de bepaalde kwaliteiten van neuro-transmissie en vatte hen samen in tien wetten. De grote implicatie van Müllers doctrine is de expliciete uitspraak dat ons bewustzijn niet van objecten is samengesteld, maar meer van de zenuwen zelf. Zijn werk stimuleerde de studie van het lokaliseren van de functies in de hersenen.

Het begrijpen van de zintuigelijke fysiologie nam een grote stap voorwaarts wanneer ontdekt werd dat de neuro-geleiding een elektrisch proces is, hiermee werd tegelijkertijd een einde gemaakt aan de traditionele opvatting dat de zenuwen “dierengeesten” in zich droegen. Het was een student van Müller, Emil Du Bois-Reymond, die brak met de traditionele visie van “dierengeesten” en die de basis legde voor neuro-transmissie door het beschrijven van de elektrische eigenschappen van de neuro-impuls.

Het onderscheid tussen gevoels- en motorische zenuwen was onafhankelijk gedemonstreerd door het experimentele werk van Charles Bell en François Magendie.

1) In de fysiologie, zorgde onderzoek naar activiteit van zenuwen voor een empirische basis voor vele menselijke functies die daarvoor beschouwd werden als functies van de geest.

2)Duitse ontwikkeling psychofysica genaamd probeerde om de kwantitatieve voor de geest-lichaam relatie te vinden, maar het ging voorbij de psychologische geschriften van Herbart door een empirische benadering te hanteren.

3) De geschriften van Darwin in Brittanië bevestigde een evolutietheorie gebaseerd op het empirische bewijs van natuurlijke selectie. Al deze bewegingen hielpen direct om de formele studie van psychologie vast te leggen.

Zijn beeld van de psychologie:

• Psychologie als een nieuw-opgerichtte wetenschap die gebaseerd is op ervaring, metafysica en wiskunde.
• <-> de psycholgie van Kant was de psychologie van Herbart empirisch gebaseerd op de ervaring
• Psychologie was echter geen experimentele wetenschap, zoals fysica, en het kernonderwerp ervan , de geest, was geen onderwerp van analyse.
• Herinnerend aan Pythagoras, stelde Herbart dat de psychologie wiskunde zou moeten gebruiken om verder te kunnen gaan dan simpele beschrijvingen en meer de relaties tussen mentale handelingen zou kunnen verdiepen.

De dynamiek tussen zelf-behoud en tegenstelling leggen uit hoe er een stroming is tussen de bewuste en onbewuste aanwezigheid van ideeën. Herbart beschouwde deze dynamiek als een soort van geestelijke mechanismen, gelijkend op de fysische mechanismen.