Omstreeks 1598 ging de oorlog een nieuwe fase in, de verovering van de oostelijke Nederlanden was voltooid, men kon nu nieuwe veroveringen ondernemen in zuidelijke richting. In 1600 wilde Oldenbarnevelt Duinkerke, de thuishaven van de Spaanse kaapvaart, veroveren. Maurits volgde hem hierin al was dat niet van harte. Dit leidde tot de slag bij Nieuwpoort die door de Republiek werd gewonnen maar verder niets opleverde. Wel leerde deze slag dat de oorlog niet snel beslist zou worden en dat de Vlaamse bevolking niet onverdeeld partij zou kiezen voor het leger van de Staten-Generaal.

In de Republiek zelf bleven de immigranten Holland zien als een toevluchtsoord waar ze slechts tijdelijk wensten te verblijven. Ze waren van groot belang in handel en nijverheid en in kunst en wetenschap maar ze bleven van bestuur en beleid uitgesloten waardoor hun wens tot verovering van de Zuidelijke Nederlanden de politiek niet kon beïnvloeden.

Wilden de grote leiders deze verovering wel nog. Groeide de neiging niet om de Republiek meer en meer als een voltooid geheel te beschouwen. Bovendien waren Oldenbarnevelts eerste politieke tegenstanders allemaal uit de zuidelijke provincies afkomstig geweest, zijn latere kerkelijke tegenstanders waren dat niet maar hij heeft het wel altijd zo gezien. Voor Oldenbarnevelt en voor vele anderen uit vooral Holland was de verovering van Brabant en Vlaanderen geen vanzelfsprekend oorlogsdoel meer.

Dit zou misschien anders zijn uitgedraaid indien de internationale ontwikkelingen er voor de Republiek beter hadden uitgezien. Frankrijk (1598) en Engeland (1604) hadden reeds vrede gesloten zodat Spanje zich weer geheel op de Nederlanden kon richten. Dit leidde niet tot een werkelijk Spaans overwicht waardoor zowel in Spanje als in de Republiek de indruk groeide dat de oorlog niet meer gewonnen kon worden. Het was tijd voor vredesonderhandelingen.

De grondslagen van de militaire successen zijn reeds geschetst. De voorspoed is toch vooral aan Spanje zelf te danken dat zijn aandacht op Frankrijk had gericht. Maurits en Oldenbarnevelt hebben de geboden kans ook ten volle weten te benutten, de jaren 1590 was de periode waarin de oostelijke en noordelijke provincies definitief gewonnen werd. Dit was het gevolg van het overleg tussen Maurits en zijn neef de Friese stadhouder Willem Lodewijk waardoor de veroveringen van steden als Groningen, Steenwijk, Delfzijl en Coevorden vooraan op het programma kwamen. Zo werden geheel Friesland, Drenthe, Groningen en later Gelderland en Overijssel op Spanje heroverd, zij zouden voortaan mee de last van de oorlog kunnen dragen. Deze zou nu voortgezet moeten worden in Brabant en Vlaanderen.

Zie kaart HB p. 123.

Er zijn heel wat discussies gevoerd over wat nu centraal stond in de opstand, politiek of geloof, strijd voor de vrijheid of voor de kerk. Dit is echter een vals dilemma: het vrijheidsideaal van de opstand verloor zijn zin zonder vrijheid van denken en die was onverenigbaar met het katholicisme van de late 16^e eeuw. De kerk van de vrije Nederlanden kon niet anders dan protestants zijn.

Over de aard van dat protestantisme kon getwist worden. Sommigen legden de nadruk op vrijheid, de kerk moest open staan voor iedereen. De zuiverste expressie daarvan was de libertijnse kerk die op het eind van de 16^e eeuw in Utrecht heeft bestaan. Ze oefende geen controle uit en aan niemand werd voorwaarden gesteld.

Een ander model is echter dominant geworden: het calvinisme. Calvinisten wilden overeenstemming over de wezenlijke geloofspunten, ze streefden bovendien naar een hechte kerkelijke organisatie die de onderlinge controle zou bevorderen, zo zou de zuiverheid van de leer gewaarborgd worden. Lidmaatschap was hier dus niet vrijblijvend, ze was wel vrijwillig. Dat heeft haar groei ongetwijfeld belemmerd. Wie lid wilde worden van de Calvinistische kerk moest weten waarvoor deze stond en moest er de verplichtingen van aanvaarden. Belangrijk is te onthouden dat er over de kerk spanningen bleven bestaan maar dat deze, zolang de oorlog tegen Spanje de volle aandacht opeiste, onder de oppervlakte bleven sluimeren.

De Republiek was een statenbond van zelfstandige gewesten, vanaf 1594 op zeven vast blijven liggen nl. Gelderland, Holland, Zeeland, Utrecht, Friesland, Overijsel en Groningen. Drenthe was wel zelfstandig maar had geen zitting in de hoge vergadering, de Generaliteitslanden (de veroverde gedeelten van Vlaanderen en Brabant) werden vanuit Den Haag bestuurd. De zeven hadden een gelijk aandeel in de macht en konden belangrijke beslissingen met een tegenstem blokkeren.

De gewesten hadden zich in de unie van Utrecht (1579) verbonden om samen oorlog te voeren tegen Spanje. Ze hadden daarvoor één leider, Willem van Oranje en één orgaan van overleg, de Staten-Generaal. De oorlog tegen Filips II had als doel de handhaving van vrijheden en privilegies van de provincies, het noodzakelijke middel daartoe was samenwerking. Een leider zou dus altijd een middenweg moeten vinden tussen twee in de grond onverenigbare idealen.

Deze staatsinrichting bemoeilijkte de concentratie van de macht in één hand en dat op alle niveau's. Bovendien werd willekeur beperkt door de beslissingsmacht te verlenen aan colleges en niet aan een individu. Gevolg was dat besluiten van de Staten-Generaal altijd de wil uitdrukten van een behoorlijke meerderheid.

Naast al deze colleges was er nog de belangrijke functie van stadhouder. Gewoonlijk waren het er twee: één in Friesland, Groningen en Drenthe en één in Holland en de overige gewesten. Geen van beide had bevoegdheden in de staten van de andere. Willem van Oranje was stadhouder van Holland geweest, na zijn dood moest er een nieuwe komen met genoeg prestige om voor iedereen aanvaardbaar te zijn.

(verder zal met "stadhouder" altijd die van Holland bedoeld worden tenzij expliciet anders vermeld)

Prins Maurits van Nassau volgde zijn vader als stadhouder op. Hij was een briljant militair maar politieke ambitie had hij niet. De feitelijke regeringsleider was Johan van Oldenbarnevelt. Beiden werkten in 1588 ééndrachtig samen.

Johan van Oldenbarnevelt was Hollands advocaat van den lande (later zou dit raadspensionaris heten), dit betekende dat hij na de stadhouder de hoogste abtenaar van de provincie Holland was. De raadspensionaris van Holland was een van de groten van de republiek maar zou nooit de stadhouder in belang overtreffen. De raadspensionaris was immers slechts vertegenwoordiger van een deelbelang (Holland). Bovendien verkreeg hij status door zijn ambt, de stadhouder bracht die status al mee bij zijn aantrede. De stadhouder was ook opperbevelhebber van leger én vloot die hij beiden wel enkel in dienst van de Republiek mocht inzetten, dit bleek evenwel een rekbare beschrijving.