De synode van Dordrecht kan worden beschouwd als de triomf van het rechtzinnige calvinisme, nu moest de praktijk van het christelijke leven werkelijk gaan beantwoorden aan de bijbelse normen. Dat was het doel van de Nadere Reformatie, een beweging met haar centrum in Utrecht.

De regenten trokken andere lessen uit het verleden, zij meenden dat een goed kerkelijk beleid tot doel moest hebben ten alle tijden de rust en orde te bewaren. Vanaf dan duldden zij niet langer dat de kerk nieuwe uitspraken zou doen over de leer. Bij meningsverschillen mocht de kerk geen kant meer kiezen. Ze waakten er ook over dat de kerk geen politieke verdeeldheid bevorderde, de dominee werd verboden op zijn preekstoel kritische commentaar te geven op de daden of bedoelingen van de overheid. De sympathie van de predikanten lag dan ook bij het huis Oranje, zij verlangden het herstel van het stadhouderschap.

Van een echte polarisatie tussen oranjegezind of pro-regentheerschappij is evenwel geen sprake. De tegenstelling bestond wel maar velen lieten zich daar weinig aan gelegen liggen.

Holland schafte na Willems dood de functie van stadhouder af, zo kon er ook over zijn macht geen discussie ontstaan. Willems postuum geboren zoon zou toch niet in staat zijn ambt daadwerkelijk te vervullen. Ook alle gewesten die gewoon waren hun stadhouder met Holland te delen besloten de functie vacant te houden. Deze periode wordt het eerste stadhouderloze tijdperk genoemd.

Het lag voor de hand dat de raadspensionaris van Holland de open plaats zou bezetten. Dat gebeurde ook vanaf 1653 toen de ambt toeviel aan Johan de Witt. Bijna twintig jaar lang trad hij op als daadwerkelijke regeringsleider. Hij bleef echter een betaalde dienaar van de staten van Holland en mocht de andere provincies niet in hun soevereniteit krenken.

Het eerste stadhouderloos tijdperk werd binnenslands gekenmerkt door de heerschappij van de regenten (de zgn. "Ware Vrijheid") en buitenslands door de handelsoorlogen.

Ware Vrijheid was het recht van de regenten meester te zijn op eigen grond en in eigen stad, die vrijheid werd nu niet langer ingeperkt door een stadhouder. De regenten wilden zich evenmin ondergeschikt weten aan de hogere eenheid van de Unie. Ze beschouwden iedere provincie volledig souverein.

Een typische regent was een lokale administrator wiens carrière zich volledig binnen de muren van zijn eigen woonplaats afspeelde. De regent moest aan een paar minimumeisen voldoen: aanzienlijke geboorte, bezit van eigen vermogen (om corruptie tegen te gaan), degelijke opvoeding en scholing en een tolerante levenshouding. Spinoza's leven is van dat laatste een treffend voorbeeld, toen hij stelde dat de bijbel het geopenbaarde woord van god zou zijn werden zijn geschriften verboden. Hij had de grenzen van de tolerantie overschreden maar toch werd hem tijdens zijn leven niets in de weg gelegd.

De gelijkwaardigheid van protestant en katholiek, de zelfstandigheid van de Duitse vorsten en de onafhankelijkheid van de Republiek waren na 1648 geen twistpunten meer. Het nog ouder conflict, dat tussen Frankrijk en Habsburg duurde voort en zou in 1659 met de vrede van de pyreneeën bezegeld worden. Frankrijk kwam als grote overwinnaar uit dit conflict.

In Engeland was de monarchie van de Stuards vervangen door de republiek van Cromwell. Deze krachtige, zelfbewuste republiek zou zijn vooraanstaande plaats in de internationale politiek terug opeisen.

De Republiek diende in deze gewijzigde verhoudingen haar positie nader te bepalen. Ze had economisch een voorsprong maar was vergeleken met Engeland of Frankrijk, een kleine oppervlakte en een kleine bevolking. Bovendien waren haar grenzen lang en moeilijk verdedigbaar. Het moest die voorsprong verdedigen tegenover twee landen die elk afzonderlijk sterker waren.

In 1647 was Frederik Hendrik gestorven en opgevolgd door zijn zoon Willem II. Willem wenstte de hervatting van de oorlog tegen Spanje, als echtgenoot van Maria Stuart, dochter van de Engelse koning Karel I wilde hij bovendien dat de Republiek steun gaf aan zijn schoonfamilie om Cromwell's republiek omver te werpen.

Holland wenstte nu er vrede heerste een flinke vermindering van de krijgsmacht. Toen de Staten-Generaal niet snel genoeg tot een besluit kwam besliste Holland zelf voortaan niet meer te betalen. Holland stond nu één tegenover zes in de Staten-Generaal, ofwel moesten de zes dan berusten ofwel moeste ze de crisis met geweld tot een oplossing brengen. Dat laatste was in 1618 gebeurd en gebeurde opnieuw in 1650. Willem II trok met een leger naar Amsterdam en dreigde met geweld. Holland gaf toe net als in 1618.

Willem II had in deze zaak de Staten-Generaal achter zich maar voor zijn andere plannen had hij dat niet. Een nieuwe crisis dreigde, ditmaal over de macht van de stadhouder, tot Willem in november 1650 stierf.

Spanje met succes bevestigd. Twee omstandigheden versterkten de wil naar vrede in de Republiek. Ten eerste was het gevaar tot rekatholisering van het Duitse Rijk bezworen en ten tweede was er het bondgenootschap met Frankrijk. De Republiek en Frankrijk hadden De vrijheid van de Zeven Provinciën was onder Frederik Hendrik tijdens de oorlog tegen samen het overwicht op Spanje en dit kon leiden tot de herovering van de Zuidelijke Nederlanden. Frankrijk zou zo rechtstreeks aan de republiek grenzen, bovendien had Amsterdam er dan met Antwerpen opnieuw een te duchten concurrent bij.

In 1648 werd de vrede van Munster gesloten. De voorwaarden waren uitermate gunstig voor de Republiek: erkenning door Spanje, sluiting van de Schelde, vrije vaart op Indië. Terwijl Spanje geen enkel voordeel voor de Noord-Nederlandse Katholieken af kon dwingen.