Einde van het godsgeloof: God is dood. De wereld, en de mens, heeft geen zin, geen doel meer, er is alleen een toevallig gebeuren. (versterkt door Copernicus (aarde niet het centrum) en Darwin ( de mens als diersoort)). Noch in God, noch in de wetten van de kosmos is er enige grond voor waarden, normen, doel, zin, verantwoordelijkheid etc. Ook het dualisme van geest en lichaam wordt door de moderne wetenschap geëlimineerd.
Het was voor hem belangrijk dat de mensen de volle consequentie van de wetenschappelijke feiten zouden inzien: dat er geen God is, dat de mens geen geprivilegieerd wezen is, en dat hijzelf niets dan een lichaam is. Hieruit volgt het typisch nihilisme van Nietzsche. De godsdiensten zijn sublimaties voor de onmacht van diegenen die dit leven niet aankunnen.
Maar ook hij gaat een meer relativistische opvatting over de wetenschappelijke resultaten krijgen: Als de mens een wezen is dat in het biologisch ontwikkelingsproces ontstaat en poogt te overleven, zijn ook zijn kenacten slechts middel om dit leven in stand te houden.
Nietzsche ziet geen reden om de mens boven de dieren te zetten MAAR merkt op dat mensen toch een speciaal soort dier zijn. Dieren hebben instinctieve gedragspatronen waardoor hun reacties op privésituaties bij voorbaat vastliggen. Maar de mens is het ‘nog niet vastgelegde dier’. Het is het zieke dier, hij kan alle richtingen uit, een op de toekomst gericht dier.
De mens is een vat vol tegenstrijdigheden, uiteenlopende mogelijkheden en passies, daarnaast is er het feit dat hij openstaat voor de toekomst, voor iets nieuws. Nietzsche stelt als centrale drijfveer de wil tot zelfbevestiging, door zijn eigen machtsdrang, en alleen daardoor kan hij zich tot een nieuw wezen herscheppen. Dat hoge wezen is de übermensch, niet een wezen dat men als zodanig kan bereiken, ook niet een eindstadium van de evolutie, maar een opgave die men zich stelt.

Hij ziet het essentiële onderscheid in de wereld eerder tussen dode materie en leven. De dode materie is statisch , en als er beweging is, gaat het om een continue omkeerbare beweging die je kunt voorspellen. Alles ligt vooraf vast, elke beweging heeft zijn noodzakelijke oorzaken en gevolgen, er is geen vrijheid.
In de wereld van het levende zijn er hele reeksen fenomenen die men met de methodes van de natuurwetenschappen niet kan vatten. In de eerste plaats het l’élan vital, een soort scheppingsdrang die een volkomen spontane vrije beweging veroorzaakt, die niet voorspelbaar is en die men niet kan meten in de fysische tijd.
Hij onderscheidt ook 2 wijzen van denken: het intellect dat aangepast is aan het deterministische aspect van de natuur en daarnaast l’intuition die in staat zou zijn de élan vital te achterhalen.

Beschouwde psychologie als de basiswetenschap: daarop moest men alle andere disciplines funderen. Hij was ook één van de basisauteurs van het (politiek) liberalisme. Hierin beschrijft hij zijn houding tegenover het paternalisme: het is aanvaardbaar tegenover kinderen en mentaal gestoorden, maar niet tegen wilsbekwame volwassenen. Niemand weet beter dan het betrokken individu of en in welke mate hij onder een paternalistische beslissing lijdt en niemand is meer dan dat individu betrokken bij dat lijden. Een paternalist handelt dus niet alleen onwetend maar ook ongevoelig. Hij verdedigde ook de volledige gelijkberechtiging van man en vrouw en hij steunt daarbij op utilitaristische argumenten.
Op het vlak van ethiek is hij beïnvloed door Bentham (‘het grootst mogelijke geluk voor het grootst mogelijk aantal mensen’)

3 stadia in de geschiedenis van de mensheid:
1. Het theologische stadium: probeert de mens de problemen die aan de orde waren op te lossen door te geloven in de werking van bovennatuurlijke krachten. (fetisjistische fase gelooft men in vage natuurkrachten, magische voorwerpen of geesten – polytheïstische fase gelooft men in de ingreep van een aantal goden – monotheïstische fase worden alle bovennatuurlijke krachten toegeschreven aan 1 God)
2. Metafysische stadium: begint bij de Grieken, verklaart men de meeste van de verschijnselen door middel van abstracte principes zoals substantie, vorm, levensbeginsel, einddoel etc
3. Positieve stadium: alles proberen te verklaren door middel van de wetenschap
Hij maakt ook een classificatie van de wetenschappen, elk van die wetenschappen is telkens gebaseerd op de voorgaande (dus op zijn resultaten). De laatste positieve wetenschap is volgens hem de sociologie, hij hoopt dankzij die wetenschap de maatschappelijke orde te herstellen.
In verband met maatschappelijke problemen is hij een sterk conservatief getint denker. Hij werkte zijn systeem uit tot een soort godsdienst van de mensheid, waarbij hij een soort opperpriester was.