Aan het deel uitmaken van een wereldrijk waren ook nadelen verbonden. Door de toenemende oorlogsvoering moesten de Staten steeds grotere beden toestaan, de kredieten van de regering zorgden voor torenhoge rentes, waardoor dan weer de handel gedwarsboomd werd.

Naast de economische problemen was er ook nog de keiharde repressie tegen de ketters. Ondanks de plakkaten, had de reformatie zich snel doorheen de hele Nederlanden verspreid. De Inquisitie maakte ook steeds meer slachtoffers, vooral toen Filips II de macht overnam.

Al deze zaken waren een aantasting van de burgerlijke vrijheden door de regering. Het was het begin van de desintegratie van de XVII Provinciën, vanaf 1560.

Door de oude traditie van mecenaat en de centrale ligging in de Nederlanden, kwamen alle cultuurvormen hier tot bloei. De beeldhouwkunst kende een schitterende laatgotiek en prachtige renaissancegebouwen, de muziekkunst werd verspreid over de gehele Nederlanden. Alle kunstenambachten bloeiden volop, in het bijzonder de boekdrukkunst. De Nederlanden en meer bepaald Antwerpen waren het centrum van de boekdrukkunst, mede door de vestiging van Plantijn in 1555. Gedrukte werken waren makkelijk te verkrijgen, waardoor steeds meer zaken op schrift werden gesteld, zoals de toneelstukken van de Rederijkers, die ook een enorme groei kenden.

Het grootste deel van de gedrukte werken (1/3) was godsdienstig, een ander derde was humanistisch/didactisch, gevolgd door wetenschappelijke werken en pamfletten en ordonnanties. Drukkerijen waren zowel een bedrijf als een intellectueel centrum, waar de beroemdste humanisten van die tijd elkaar konden ontmoeten, zoals Erasmus en Thomas More.

Erasmus was een monnik, gevormd in de traditie van de moderne devotie. Hij schreef verschillende werken voor de in 1516 nog aankomende wereldheerser, prins Karel. Later gaf hij een nieuwe, tweetalige uitgave van het Nieuwe Testament en de geschriften van de Kerkvaders uit en richtte hij het Drietalencollege op. Hij gaf kritiek op het formalisme en de verwereldlijking van de kerk, samen met Luther en andere theologen, maar weigerde toch met haar te breken. Ondanks zijn eigen weigering om dit te doen, zou hij een van de voorlopers van de Reformatie worden.

De meest typerende van alle Renaissancekunstenaars in de Nederlanden is Pieter Bruegel. In zijn werk wordt het voorstellen van wereldse onderwerpen, een toenmalige trend, aangevuld met een maatschappijkritische ondertoon door het afbeelden van de werkelijkheid van de gewone mens. Op schilderijen is niet meer alleen plaats voor het ideale leven van de adel en de rijke burgerij, maar wordt ook de grauwe werkelijkheid getoond.

Tegen het midden van de zestiende eeuw had de bevolking weer het niveau van rond 1300 bereikt. Daarnaast was er een enorme economische groei op basis van een exportnijverheid, in Vlaanderen vooral de textielsector, in Holland vooral de scheepvaart.

Antwerpen is de sterkste groeier, een van de grootste steden in Europa, mede door migratie. De stad was zeer aantrekkelijk door de vrijheid die er heerste en de onbegrensde mogelijkheden voor handel en nijverheid, mede door de voorkeur van de Engelsen voor Antwerpen, wegens het ontbreken van importquota voor Engels laken. Ook de Duitse Hanze verkoos Antwerpen boven Brugge in het midden van de zestiende eeuw.

De eerste beurs werd in 1532 in Antwerpen geopend, die een bijzondere impuls kregen door de staatschulden. Een eerste innovatie was de creatie van rechtsbescherming voor de verhandelbaarheid van handelsschulden, met overdraagbare schuldbekentenissen, een tweede was een soort cheque avant la lettre, het endossement. Het disconto tot slot was het nemen van een voorschot op een uitbetalingstermijn.

In hoeverre waren de Nederlanden echt een eenheid, nadat ze een personele unie geworden waren?

De vorsten deden alles om de oude vorstendommen om te vormen naar provincies in een eenheidsstaat, zoals het uitschakelen van externe machtsfactoren en het garanderen van de unie bij de erfopvolging. Ook werden de kerkelijke grenzen van de bisdommen aangepast aan de wereldlijke grenzen van de Nederlanden.

De ambitie tot centralisatie uitte zich vooral in de uitbouw van centrale regeringsorganen, zoals de Raad van State, de Geheime Raad en de Raad van Financiën (collaterale raden). Een belangrijke politieke rol was ook weggelegd voor de landvoogden, die vaak een onafhankelijke status hadden, maar als nauwe bloedverwanten toch aanvaard werden door het volk. De benoeming van de hertog van Alva was hierin een keerpunt en een bijkomende reden tot ergernis.

Naast de uitbouw van centrale organen, wouden de vorsten ook een grotere eenheid doorheen het land, bijvoorbeeld van de rechtsspraak. Daarom werden alle plaatselijke stelsels van gewoonterecht op schrift gesteld (vanaf 1531). Dit was het begin van een samenhangend stelsel van wetten.

Hierdoor waren de lokale schepenbanken wel een deel van hun macht kwijt, zeker toen de hogere overheden zich gingen bemoeien met de gedragsreglementering. De nieuwe wetgeving werd pas echt effectief ingevoerd door de grotere macht van de centrale hoven. Die rechtbanken boden steeds een beroepsmogelijkheid en oordeelden volgens het nieuwe recht. Ze konden ook de lagere rechtbanken die slecht recht hadden gesproken, veroordelen. Daardoor werd de hogere rechtsspraak een zeer effectief middel tot de integratie van de nieuwe staat.