De godsdiensttwisten waren het gevolg van het proces van calvinisering dat de gereformeerde kerk in Holland sinds 1572 bezig was te ondergaan. Eenheid van leer was daarbij het belangrijkste programmapunt. Predikanten dienden in te stemmen met de gereformeerde belijdenis zoals omschreven in de Heidelberger catechismus en de Confessio Belgica.
Jacobus Arminius zelf een predikant heropende de conventionele discussie over Calvijns leer van verkiezing en verwerping. Volgens het calvinisme was de mens als gevolg van de zondeval niet meer in staat goed te doen. De kracht om de zonde te breken bezat de mens niet meer. Zijn enige redding lag in gods genade, sommigen ontvingen die, anderen niet. Wie van het eeuwige leven zou kunnen genieten hing volledig af van de beschikking gods. Een deugdzaam leven was niet de voorwaarde voor de verlossing maar haar resultaat. Als de mens slechts door gods vrije verkiezing kan worden gered en niet door eigen kracht is het dan nog schuldig aan de zonde waaraan hij niet kan ontkomen? Het calvinisme lost dit dilemma niet op, verkiezing (door god) is genade en toch is verwerping schuld.
Hierop richtte zich dan ook de kritiek van Arminius, volgens hem waren de uitverkorenen diegenen van wie god had voorzien dat ze zouden geloven. Verkiezing als gevolg van geloof dus.
Arminius' aanhangers werden meer en meer geweerd uit de kerkelijke vergaderingen waarop zij gehoor vonden bij de Staten van Holland met hun remonstratie waarin ze hun gevoelen onder woorden brachten (vandaar remonstranten). Hun tegenstanders werden contraremonstranten genoemd naar het bewaarschrift dat zij als reactie indienden.
Oldenbarnevelt verdedigde de remonstrantse minderheid waarmee hij zichzelf nog verdachter maakte.
De staten van Holland wilden dat beide partijen elkaar volledig zouden aanvaarden, dit kwam neer op een hervorming van de kerk volgens libertijns model. In de kerk bleek men daar niet toe bereid wat op heel wat plaatsen tot een scheuring binnen de kerk leidde. De staten konden nu hun nederlaag erkennen en de kerk in haar eigen zaken laten beslissen of ze konden hun wil met geweld opleggen. Die laatste optie hebben ze gekozen, enerzijds vonden ze zichzelf in hun recht, de kerk was te belangrijk om aan anderen over te laten. Anderzijds druisde dit in tegen de fundamentele principes van de verdraagzaamheid, ze wensten een tolerante kerk, maar wat als deze kerk niet tolerant wilde zijn?
In augustus 1617 lieten de staten van Holland de steden toe om eigen soldaten zgn. waardgelders aan te werven om godsdienstige woelingen de kop in te drukken (Scherpe Resolutie).
Maurits zag deze resolutie als het inzetten van soldaten om de uitoefening van de gereformeerde religie te beletten, wat precies in het beleid paste gericht op de onderwerping van de Republiek aan Spanje. Hij zette zich dan ook actief in om de contraremonstranten te steunen. Als kapitein-generaal van het leger haalde Maurits al snel zijn slag thuis, in augustus 1618 werden Oldenbarnevelt werd opgepakt en terechtgesteld.